แบคทีเรียสามารถหลีกเลี่ยงประสิทธิผลของวัคซีนได้

การพัฒนาวัคซีนต้านแบคทีเรียในหลายกรณียากกว่าวัคซีนต้านไวรัส เช่นเดียวกับเชื้อโรคแทบทุกชนิด แบคทีเรียสามารถหลีกเลี่ยงประสิทธิผลของวัคซีนได้โดยการปรับเปลี่ยนยีนของพวกมัน สำหรับเชื้อโรคหลายชนิด การดัดแปลงพันธุกรรมดังกล่าวภายใต้แรงกดดันจากการฉีดวัคซีนจะทำให้ความรุนแรงหรือความเหมาะสมของเชื้อโรคลดลง ซึ่งช่วยให้เชื้อโรครอดพ้นจากผลกระทบของการฉีดวัคซีน

แต่ด้วยราคาที่แพร่เชื้อได้น้อยลงหรือสร้างความเสียหายน้อยลง อย่างไรก็ตาม เชื้อโรคบางชนิด รวมทั้งแบคทีเรียหลายชนิด สามารถเปลี่ยนแปลงวิธีที่ช่วยให้พวกมันรอดพ้นจากผลกระทบของการฉีดวัคซีนในขณะที่ยังคงติดเชื้อได้สูง สำหรับนักวิทยาศาสตร์ที่ต้องการพัฒนาวัคซีน การหลีกเลี่ยงภูมิคุ้มกันแบบนี้เป็นปัญหาพื้นฐานมานานหลายทศวรรษ หากพวกเขามุ่งมั่นที่จะพัฒนาวัคซีนป้องกันแบคทีเรียก่อโรค บ่อยครั้งพวกเขาจะสังเกตเห็นว่าสิ่งเหล่านี้ไม่ได้ผลอย่างรวดเร็ว